e-러닝의 단점은 집합교육에 익숙해져있는 교육생들이 웹의 특성을 살린 학습시스템에 익숙하지 못하거나, 테크놀로지의 한계에 기인한 것들이다. 이러한 단점들은 한시적일 수 있으며, 학습자들의 e-러닝에 대한 경험 축척과 테크놀로지의 발전으로 보완될 수 있다(조은순, 2002).


학습효과를 위해 교수진이나 학습자가 비선형적인 사고를 가져야 한다.

교수진, 학습자, 운영자가 컴퓨터와 네트워크의 작동과 활용에 익숙해야 한다.

웹의 전송 속도로 인하여 다양한 전달 매체를 사용하는 데 제한을 받을 수 있다.

보이지 않는 상태에서 교수자나 운영자가 원하는 방향으로 학습자를 유도하는 것이 어려울 수 있다.

방대한 정보로 인하여 학습자가 방향 감각을 잃을 수 도 있다.